现代光学研究所成立于2009年，主要由麻豆一卡二卡3卡4卡老狼物理系的科研人员组成。面向校内、外科学研究人员开放。主要研究方向为光学测量，仪器开发与应用，生命科学研究；软科学（包括理论物理、信息、计算机技术等方向），辅助研究方向为薄膜物理（主要包括该研究中的AFM检测等方面的研究）和新能源方面的辅助研究, 同时努力朝着物理与生命科学研究方向的融合发展。 在光学测量方面有AFM ,光学云纹法测量应力应变以及干涉测量方法的研究。

研究所主要科研设备以原子力显微镜为主，可以对样品的形貌、电特性、磁特性等物理特性进行测量与分析，也可以对某些生物样品进行测量与分析；同时研究所也拥有强激光、红外光谱仪等设备及相关的科研人员进行研究；本研究所还注重科研方面的校际合作，与天津大学老教授合作进行光学云纹测量，应力、应变等方面的研究。

伴随着科研工作的进展，本研究所成员科研能力不断增强，科研水平不断提高。有1名博士后经历的科研人员，2名博士学历以及多个硕士学历，有硕士生导师2名，被指导的研究生1名。自本研究所成立以来共获得科研经费（包括学校投入研究所经费和研究所成员项目资金）约120多万元；本研究所成员共发表学术论文百十来篇，其中被SCI、EI等索引论文30多篇 ；先后承担国家级科研项目2个，省级科研项目十来个，厅局级科研项目十来个，以及多个校内科研项目。

随着科学的发展，针对本研究所出现的新问题、新困难，结合学校促进科研发展的宗旨，本研究所采取了一系列措施以促进科研的发展，其中主要包括：本研究所设备采用负责人负责制，鼓励跨学科、跨专业、跨部门合作，促进联合研究与共同发展；增設科研流动人员，并给予适当的科研经费的支持； 鼓励本研究所成员与校内、外其它研究单位和研究个人的合作，制定了相应的奖励措施，增设奖励资助经费的使用； 积极规划本研究所的研究生科研的招生与培养。